恶之秘密结社「埃罗吉欧涅」。

生活在黑暗中的家伙们的侵蚀，已开始悄然覆盖整个世界。

与此同时，关于魔法少女的传闻也在四处流传——她们真的存在吗？

当人们在平静的夜晚安然入睡时，埃罗吉欧涅的阴谋活动，

以及与之对抗的魔法少女们的殊死搏斗，其实从未停歇。

女主角里莉所居住的城市，最近频频发生年轻女性失踪案。

同一时期，她的姐姐瑠璃也开始举止怪异：捡回一只猫取名「纳姆尔」，深夜房间里传出说话声……

某天，迟归的里莉遭到黑衣男子的绑架企图。

危急关头，一位魔法少女突然现身击退敌人，可她的面容竟与姐姐瑠璃如出一辙。

随后，姐姐也离奇失踪。

不安的里莉面前，出现了一只酷似纳姆尔的猫，

它坦白道：其实姐姐就是那位魔法少女，一直在暗中战斗。

猫恳求里莉继承姐姐的使命，继续对抗埃罗吉欧涅。

里莉虽然内心纠结，但当得知同班同学身陷险境时，

她终于下定决心——变身为魔法少女☆里莉，与恶之结社展开战斗！